Kartanon pitkään ja monimuotoiseen historiaan liittyy niin vaatimattomia kausia katoajalta kuin loiston ja kukoistuksen aikojakin.
Mukkulan kartanon juuret ulottuvat 1400-luvulle. Ensimmäinen maininta tilasta löytyy vuodelta 1466. Myöhemmin kartano toimi muun muassa sotilaskartanona.
Kartanon todellinen kukoistuskausi alkoi 1700-luvun lopulla, kun sen omistajaksi tuli kapteeni Arndt Johan von Hausen. Hänen aikanaan Mukkulasta muotoutui edustava kartanomiljöö: päärakennusta uudistettiin, puutarhaan luotiin englantilaistyyppistä maisemallisuutta ja istutettiin tammet, jotka seisovat puutarhassa vielä tänäkin päivänä.
Kartanon mailla toimi aikanaan myös meijeri ja kauppapuutarha kasvihuoneineen. Päärakennusta uudistettiin perusteellisesti useaan otteeseen 1800–1900-luvuilla.
Von Hausenin suku hallitsi Mukkulaa lähes kaksi vuosisataa aina vuoteen 1959 saakka, jolloin kartano siirtyi Lahden kaupungin omistukseen ja muuttui matkailun ja vapaa-ajan keskukseksi.
Kartanosta tuli myös tärkeä kulttuuripaikka: vuodesta 1963 alkaen siellä on järjestetty Lahden kansainvälistä kirjailijakokousta, joka on houkutellut Mukkulaan maailmanluokan kirjailijoita. 2000-luvulla alue on tullut tunnetuksi myös Summer Up -festivaalista, joka on houkutellut Mukkulan rantaan tuhansia kävijöitä.
Kartanon päärakennus oli monta vuotta käyttämättömänä, kunnes Vanajanlinna Group toteutti siellä mittavan remontin vuosina 2013–2015.
Remontin lopputuloksena avattiin nykyaikainen mutta perinteitä kunnioittava Mukkulan kartanohotelli, jonka sisustuksen suunnittelusta vastasi lahtelainen Isku. Nykyisin kartanon toimintaa vie eteenpäin Megaro Oy Tiina Aallon johdolla.
Kartanolla on myös oma legendansa. Oppaana toiminut Helli Jalas on kertonut tarinaa kartanon mystisestä kummituksesta eli naishahmosta, jonka kerrotaan laskeutuvan portaita alas ja siirtyvän salin puolelle – aivan kuin entisaikojen kartanon emäntä kävisi tarkistamassa, että salissa on kaikki kunnossa.
